เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2538 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณ โปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานชื่ออู่แห่งนี้ว่า “อู่ราชนาวีมหิดลอดุลยเดช” เพื่อเป็นสิริมงคลแก่กองทัพเรือและผู้ปฏิบัติงานในอู่แห่งนี้ ต่อมา เมื่อวันที่ 21 เมษายน 2541 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะดำรงพระอิสริยยศ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จฯ แทนพระองค์ ประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อู่ราชนาวีมหิดลอดุลยเดช #น้อมรำลึกในพระมหากรุณาธิคุณ #ในหลวงรัชกาลที่9 #กองทัพเรือที่ประชาชนเชื่อมั่นและภาคภูมิใจ #TheTrustedNavy